除了少数罕见的病例以外，如果不及时治疗，HIV会发展到称为艾滋病的感染阶段。在这种情况下，免疫防御能力受到损害，人体防御潜在威胁生命的感染的能力降低。
一般来说，如果不进行医疗干预，从艾滋病毒感染到艾滋病的时间平均5至8年，可短至数月，长达数十年。
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一个人感染的HIV遗传毒株(其中一些毒株的毒性可能比其他毒株大或小)
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个人居住的地理位置(包括医疗保健和其他疾病或感染的发生率)
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自1996年以来，抗逆转录病毒药物的引入极大地改变了HIV感染的自然进程。
虽然HIV仍然无法治愈，但新诊断出的艾滋病毒感染者在接受治疗后，预期寿命逐渐接近正常。
与其他慢性疾病一样，早期发现是尽快确诊和治疗感染的关键。
不同人之间的感染阶段在严重程度和进展速度上略有不同。
随着疾病的进展，机会性感染(OIs)的风险增加，直到免疫系统崩溃。在这个阶段，患病和死亡的风险特别高。
在急性感染期，许多人会出现发烧、乏力、扁桃体肿胀、喉咙痛、腹泻或皮疹。通常发生在初次感染HIV后的两到四周，持续约两周后缓解。
在最初的感染被免疫系统控制后，病毒就会隐藏在HIV储存库中，不被免疫系统察觉。
这种慢性(或潜伏)感染阶段可能持续数年甚至数十年。
当前，艾滋病的诊断不再意味着一个人一定会生病或死亡。即使一个人的CD4计数低于100个细胞/毫升，开始抗逆转录病毒治疗(ART)也可以重建免疫功能，有时会达到被认为接近正常或正常的水平。
有报道称两名患者在停止抗逆转录病毒治疗一年后，艾滋病毒感染得到长期缓解，但他们都接受了旨在治疗癌症的骨髓移植，无法成为普遍的治疗方法。这些患者以外的长期缓解病例尚未见报道。
此外，一个人延迟启动治疗的时间越长，免疫系统完全恢复的机会就越小。
因此，重要的是在诊断时就提供治疗，而不考虑CD4计数，并且坚持终身服用抗病毒治疗药物，等到HIV彻底被治愈的那一天。
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